DDS的参考时钟是自由的，其输出的正弦及余弦信号相对于ADC的输出也是自由的，因此DDS的参考时钟可以选择TCXO或者TCXO倍频后的频率，任何时候，DDS都是在这个参考时钟的驱动下按照频率控制字进行相位累加，每次累加到2pi，就完成了一个周期。
DDS的参考时钟不应该与输入信号的采样时钟一致，否则就会产生这样的现象：DDS刚刚获得一个新的频率控制字，在下一个时钟的驱动下进行相位累加，同时又会得到一个新的频率控制字，相当于DDS的输出信号每个周期只有一个样本，是无法表达原信号的（一个周期的样本数必须大于2才能表达DDS的输出），这样就导致DDS的输出无法与频偏同频同相。
如果参考时钟是输入信号采样频率的倍数，则DDS在下一个采样样本输入进来的时候已经完成了数次相位累加（次数就是DDS参考时钟频率与采样频率的比值），DDS输出的一个周期内有2个以上的样本，可以表达原信号。DDS参考时钟可以设定为采样频率的4倍或者8倍，每4个或者8个时钟使能一次DDS的输入端，把新的频率控制字更新到DDS中，频率控制字越大，DDS完成2pi相位累加的速度越快，DDS的输出频率就越高；频率控制字越小，DDS完成2pi相位累加的速度越慢，DDS的输出频率就越低，最终，DDS的输出与频偏可实现同频同相。